Modelisation Des Interactions Proteine-petites Molecules: Etude De La Relation Structure – Fonction Dans Le Cas Des Lipases

Résumé: Le processus de docking est l'un des premières étapes utilisées dans la conception de médicaments. Il consiste à faire interagir un ligand avec un récepteur, généralement de nature protéique. En conséquent, le plus grand avantage des méthodes de docking protéine-ligand est qu'ils peuvent proposer des hypothèses structurelles sur la façon dont une petite molécule peut interagir avec sa cible c'est-à-dire la macromolécule. Pour cela nous avons fait appel à cette technique, qui a été assistée par le programme Molegro Virtuel Docker (MVD), pour comprendre le mode d’interaction des enzymes lipolytiques vis-à-vis du (-)-Epigallocatechin 3-gallate (EGCG). Ce dernier est un composé naturel présent dans le thé vert, il présente une activité anti-obésité en diminuant la digestion des lipides alimentaires par le mécanisme d’inhibition des lipases pancréatique et gastrique. Le présent travail décrit, dans uns premier temps, les modes d’interactions possibles de l’Epigallocatechin-3-gallate (EGCG) vis-à-vis de la lipase pancréatique. Pour cela nous avons choisi la LPP et LPH. L’analyse des modes d’interaction de l’EGCG révèle une affinité favorable avec les résidus de la cavité 3 située au voisinage du site actif des deux lipases testées. Les résultats obtenus on pu élucider les mécanismes d'interaction entre l’EGCG présenté comme un inhibiteur non compétitive expérimentalement, et les deux lipases testées (LPP et LPH). Des liaisons hydrogène importantes ont été formées avec les résidus His 263 (LPP) et His 264 (LPH). Ces dernières font partie de la triade catalytique de ces enzymes. Une étude complémentaire a été effectuée on testant une lipase gastrique du chien (LGC) qui présente un bon modèle de la lipase gastrique humaine (LGH). Les résultats obtenus montrent une grande affinité avec les résidus de la cavité principale de cette lipase donnant une énergie qui est égale à -150,27 kcal mol-1 . Cette stabilité exprimée par une énergie très faible, résulte de la mise en place des cinq liaisons hydrogène et des plusieurs interactions hydrophobe vis-à-vis des résidus de la cavité principale de la protéine. Une de ces liaisons hydrogène estimée la plus importante, a été formée avec le résidu Ser 153. Cette affinité théorique vers les résidus catalytique prédit un caractère compétitif important d’inhibition pour la lipase gastrique.

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