Contribution À La Caractérisation Génétique De Races Ovines Algériennes, Marocaines Et Françaises Par L'utilisation Du Microsatellite Inra063 Et Étude De Leurs Relations Phylogénétiques

Résumé: Dans le cadre de l'étude de la biodiversité des ressources génétiques animales, en général et ovines en particulier, nous avons contribué à l'étude de la variabilité génétique de treize races ovines originaires de trois pays méditerranéen différents l'Algérie, le Maroc et la France en utilisant un marqueur de type microsatellite INRA063. Cette étude constitue un travail préliminaire de caractérisation de ces races qui sera complété par la suite en intégrant les données d'autres marqueurs. Au cours de cette étude, une nouvelle technique de détection de polymorphisme a été mise au point au niveau de notre laboratoire, qui consiste en une amplification in vitro suivi d'une électrophorèse des ADN sur gel de polyacrylamide non dénaturant et d'une coloration au nitrate d'argent, facilitant ainsi la détermination des génotypes.Dans un premier temps, l'étude des paramètres de variabilité intra-race, réalisée à partir des génotypes des animaux, de six races ovines algériennes, cinq races ovines marocaines et deux races ovines françaises, pour le microsatellite INRA063, nous a permis d'avoir une première estimation de la variabilité génétique, basée sur le nombre d'allèles observés et leurs fréquences dans chacune des treize races étudiées, ainsi que sur les taux d'hétérozygotie calculés. Cette étude est précédée d'une estimation de l'écart des populations étudiées par rapport à l'équilibre Hardy-Weinberg. Dans un deuxième temps, l'analyse de la structuration des populations révèle que la diversité intra-race participe avec une grande part à la diversité de l'ensemble des races étudiées, mais ce résultat reste circonscrit au microsatellite INRA063. L'étude des autres paramètres de variabilité inter-race a été réalisée en intégrant les résultats du typage d'autres microsatellites, étudiés au sein de notre équipe. L'analyse de l'affectation des 366 animaux aux treize races étudiées nous a donnée une première idée sur les échanges d'allèles entre certaines races. Par ailleurs, les relations phylogénétiques entre les treize races ont été analysées grâce aux dendrogrammes obtenus à partir de deux distances génétiques différentes (Nei et Slatkin). Leur comparaison aux données historiques de ces races nous a amener à choisir la distance de Nei pour nos interprétations. L'analyse factorielle des correspondances (AFC) réalisé sur ces populations a confirmé les regroupements mis en évidence par la distance de Nei.Enfin, l'estimation des contributions relatives de chacune des treize races à la diversité totale, selon l'algorithme de Weitzman, a mis en évidence l'originalité de la race française Mérinos de Rambouillet. Chez les races algériennes, c'est la race D'men qui présenterait la plus grande contribution à la diversité totale.Les retombées de ce travail à moyen et long terme seraient de proposer une stratégie de conservation et de préservation de nos races ovines.

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